Позже этот город вошел в состав царства Давида. Отождествление Беф-Сана с Телль эль-Хусном подтверждается двумя египетскими текстами, найденными в этом городе. Насыпь имеет высоту 213 футов (64,9 м) и диаметр основания — примерно полмили (804,5 м).
Во время завоевания Израилем Ханаана весь район, в котором находится Беф-Сан, был выделен колену Иссахара, но фактически его взяло себе колено Манассии (Нав 17:11).
При царе Соломоне город вошел в административный район Вааны (3Цар 4:12).
Считается, что город был разрушен Сусакимом I {в ист. лит.: Шешонк}, египетским фараоном, в X веке до Р.Х. В последующий ветхозаветный период он не имел большого значения; захваты во время вавилонского плена и последующей эпохи персидского владычества происходили спорадически. В эллинистический период Беф-Сан получил название Скифополя, предположительно, потому, что там была колония скифских купцов, служивших египетскому царю Птолемею II. Были построены храмы греческих богов Диониса и Зевса. В период хасмонейской династии Беф-Сан стал важным административным центром. Он процветал в составе союза греко-римских торговых городов, так называемого Десятиградия (Мф 4:25; Мк 7:31), и был единственным городом к западу от Иордана, входившим в это объединение.